Die Beauftragten der Bundesregierung werden vom Bundeskanzler und die Bundesbeauftragten von den Bundesministern und Bundesministerinnen ernannt. Sie unterstützen in unabhängiger und beratender Form und sind nicht in die Hierarchie der Verwaltung eingegliedert. Nach § 21 der Gemeinsamen Geschäftsordnung der Bundesministerien (GGO) sind sie bei allen Vorhaben, die ihre Aufgaben berühren, frühzeitig zu beteiligen.
Der Sonderbevollmächtigte der Bundesregierung für Migrationsabkommen wird durch die Bundesregierung bestellt. Er ist ebenfalls nicht in die Hierarchie der Verwaltung eingegliedert. Die Abteilungen des BMI unterstützen die Beauftragten der Bundesregierung und den Sonderbevollmächtigten in allen ihre Aufgaben betreffenden Fragen.